Одной из наиболее важных обязанностей Хельсинкской комиссии является то, чтобы разрабатывать рекомендации относительно мер, касающихся источников загрязнения или проблемных областей. Эти рекомендации должны выполняться Договаривающимися сторонами на основе своего национального законодательства. С начала 1980-х годов Хельсинкской комиссией было принято около 200 Рекомендаций ХЕЛКОМ по защите Балтийского моря.